Os detalhes estão no manual:
$ man update-rc.dPara adicionar um script de inicialização ou parada de serviço ele deve estar em /etc/init.d, para adicionar na forma padrão use o comando:
$ sudo update-rc.d -f NOME_DO_SERVICO defaultse será mostrado:
Adding system startup for /etc/init.d/NOME_DO_SERVICO ...
/etc/rc0.d/K20NOME_DO_SERVICO -> ../init.d/NOME_DO_SERVICO
/etc/rc1.d/K20NOME_DO_SERVICO -> ../init.d/NOME_DO_SERVICO
/etc/rc6.d/K20NOME_DO_SERVICO -> ../init.d/NOME_DO_SERVICO
/etc/rc2.d/S20NOME_DO_SERVICO -> ../init.d/NOME_DO_SERVICO
/etc/rc3.d/S20NOME_DO_SERVICO -> ../init.d/NOME_DO_SERVICO
/etc/rc4.d/S20NOME_DO_SERVICO -> ../init.d/NOME_DO_SERVICO
/etc/rc5.d/S20NOME_DO_SERVICO -> ../init.d/NOME_DO_SERVICO
para renover:
$ update-rc.d -f NOME_DO_SERVICO removee será mostrado:
Removing any system startup links for /etc/init.d/NOME_DO_SERVICO ...
/etc/rc0.d/K20NOME_DO_SERVICO /etc/rc1.d/K20NOME_DO_SERVICO /etc/rc2.d/S20NOME_DO_SERVICO /etc/rc3.d/S20NOME_DO_SERVICO /etc/rc4.d/S20NOME_DO_SERVICO /etc/rc5.d/S20NOME_DO_SERVICO /etc/rc6.d/K20NOME_DO_SERVICO
o update-rc.d se encarrega de ordenar automaticamente, se preferir especificar a numeração manualmente utilize os seguinte comando:
$ sudo update-rc.d -f NOME_DO_SERVICO defaults ORDEM_DO_RUNLEVEL
Fonte:
http://blog.riopro.com.br/2007/06/28/inicializacao-de-servicos-no-linux-parte-ii/